メールありがとうございました。
時間ができたら挑戦してみたいと思います。

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名前 : mpeg4master
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内容 : QuickTimeで複数の音声トラックの使い方

コマンド+Jでムービーの情報を表示。
(左側のメニューでトラックを選択して右側のメニューで機能を選ぶ)
音声トラックの一方の代替機能で言語=日本語、代替=他方の音声トラックに設定。
ムービーの情報を閉じる。
保存または書き出し(MPEG4でオプションは映像音声とも「そのまま」)する。

これで、pro版ではないquicktimeでも複数の音声トラックを「言語を選択」で切り替えられるファイルが出来ます。
その他にもムービーの情報を使えばいろいろなことができるのでpro版ならば是非使いこなしましょう。
たとえば、「言語を選択」で字幕の切替も可能です。
0SExでQuickTime形式で字幕を抜き出して、
各言語毎に超低ビットレートでMP4ファイルにしておきます。
そして、メインのファイルに追加で貼り付けていきます。
字幕トラックについて
グラフィックモード=透明、カラー=透過色(通常は黒)
レイヤ=メイン映像トラックより小さい値、
言語や代替=音声同様
と設定すれば字幕の切替が可能になりなります。
メイン映像と字幕の画像サイズが違う場合は背景に黒い画像を追加しましょう。

http://www.forest.impress.co.jp/article/2002/09/12/quicktime6pro2.html
http://www.apple.co.jp/quicktime/products/qt/pdfs/QT6.5_UserGuide_J.pdf